甲状腺穿刺主要有两个方面的应用，一是诊断，二是治疗根据使用穿刺针种类不同，甲状腺穿刺分为细针穿刺细胞学检查（fineneedleaspirationcytology,FNAC）和粗针活检术（coreneedlebiopsy,CNB)。目前国内多采用FNAC，主要用于诊断弥漫性和结节性甲状腺疾病，可明确甲状腺疾病的病理性质，指导临床诊疗。对于甲状腺囊性及有些良性结节还可以通过穿刺或注射硬化剂进行治疗。
FNAC的主要适应证为：①结节性甲状腺疾病。②甲状腺炎，包括急性、亚急性和慢性甲状腺炎。③甲状腺浸润性病变，如淀粉样变等。④其他疾病，如颈部淋巴结肿大等。其中，结节性甲状腺疾病是采用FNAC最常见的疾病。
年8月8日我国颁布的《甲状腺结节和分化型甲状腺癌的临床诊治指南》明确指出，凡直径＞10mm的甲状腺结节，均可考虑FNAC检查。
由于超声的普及应用，以下情况可采用超引导定位下穿刺：①超声提示结节有恶性征象。②伴颈部淋巴结超声影像异常。③童年期有颈部放射线照射史或辐射污染接触史。④有甲状腺癌或甲状腺癌综合征的病史或家族史。⑤18F﹣氟代脱氧葡萄糖（18F-FDG）正电子发射断层（PET）显像阳性。⑥伴血清降钙素水平异常升高。
但出现以下情况，FNAC不作为常规检查：①经甲状腺核素显像证实为热结节。②超声提示为纯囊性结节。③根据超声影像已高度怀疑为恶性的结节。④直径＜10mm，且没有甲状腺癌的易感病史，或颈部淋巴结转移征象的甲状腺结节。
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