引起结核的细菌称为结核杆菌，它通常从肺或者肠道侵入人体，再经过血液流动到达肾脏。在肾脏会碰到防御疾病的战士，双方发生战斗。多数情况下结核杆菌会被打败而被消灭，但当结核杆菌数量较大及战士战斗力弱时，结核菌就会在肾脏建立基地，逐步发展壮大，破坏肾脏形成脓腔。随着破坏加重，一部分结核菌小分队进入尿液中，沿排尿管道到处搞破坏，一直破坏至膀胱，出现膀胱结核，男性还可能引起前列腺结核，并可能波及输精管道，引起附睾睾丸结核。
当结核小分队到达膀胱后，引起膀胱发炎，出现尿频、尿痛及尿急等状况，尿中出现潜血，这些是尿路结核的主要表现。这个和普通细菌引起的尿路感染表现相似，容易被忽视，当尿路感染反复发作或者久治不愈时要考虑有没有尿路结核。
如果没有及时发现结核并接受治疗，膀胱和肾脏破坏越来越严重，膀胱容量会显著减少，排尿次数越来越多，甚至会尿裤子。还可能引起对侧肾积水，损害肾功能。此时，再进行针对性治疗为时已晚，难以挽救被破坏的肾脏及排尿管道，肾功能也难以恢复，此时通常需要切除一侧肾脏。因此，当尿路感染反复发作或者久治不愈时，及时发现潜藏的结核菌并使用抗结核药物定向清除，才能有效保护尿路，防止肾脏破坏，保护肾功能。